BOINC - Superlink@Technion

Příspěvek od **Honza** » stř čer 20, 2007 4:34 pm

BOINC - Superlink@Technion je dalsi z rady novych projektu.

Lze jej radit mezi life-science projekty.
Jestli jsem pochopil, tak se snazi statisticky analyzou asociovat funkcni podobnosti genu a jejich polohu na chromozomech.

Jak pise moderator projektu, Bayesianska inference je hodne narocna - pracuje s mnoha matricemi a nasobi je mezi sebou.
Do projektu je treba mit masinu se 700+ mega pameti - jeden task si vezme kolem 550 mega na windows.

Xenostellar · čtv zář 27, 2007 4:04 pm

Tak jsem spočítal asi dvě jednotky, ale nikde se žádnej kredit neobjevil a na webu v Results neni vubec nic, ani že jsem si je stáhnul. Máte někdo podobné zkušenosti s timhle projektem?

Příspěvek od **Honza** » čtv zář 27, 2007 8:03 pm

Kdyz jsem to onehda zkousel, tak to nejake kameny hodilo. Momentalne jsou na suchu...

Fran · Příspěvek od **Fran** » sob zář 29, 2007 12:32 am

Xenostellar píše:Tak jsem spočítal asi dvě jednotky, ale nikde se žádnej kredit neobjevil a na webu v Results neni vubec nic, ani že jsem si je stáhnul. Máte někdo podobné zkušenosti s timhle projektem?

Já spočítal jednu a taky se neobjevila. Smazali je, důvod neznám.

http://cbl-link02.cs.technion.ac.il/sup ... php?id=109

Xenostellar · pon pro 24, 2007 12:30 pm

Projekt dává jednotky, bohužel každá ihned končí chybou, aplikace 1.06 (WinXP). Chyba je taková, že vyskočí okénko, jako když spadne program a manager stáhne další jednotku. Je tedy lepší projekt pozastavit.
Na stránce je upozornění, že chyby dělá 1.05 a je vhodné odpojit se od projektu a připojit na novou adresu http://cbl-boinc-server2.cs.technion.ac ... ttechnion/ , bouhužel ani to nepomáhá.

Příspěvek od **Honza** » pon pro 24, 2007 12:53 pm

Clovek musi byt trpelivy - tak kazda z 50 uz za neco stoji a par minut se pocita. Nejsem si ale jist, ze je to zamer - minumalne by slo superkratke pustit na vterinu lokalne a nezatezovat zbytek (stylem RCN).
Jeste me napadlo, ze muze byt problem s velikosti swap ve Windows. Jedu to na quadu, pameti dost, ale swap mam zamerne maly. Pak to ale zase nevysvetluje, proc to klidne pocita 4 najednou...

Xenostellar · Příspěvek od **Xenostellar** » pon pro 24, 2007 2:04 pm

No jo, ale když to necháš, tak musíš odklikávat hromadu okýnek s chybou. Já jsem jich zkusil asi 10 a žádná nebyla dobrá. Myslim, že swapem to nebude, ten mam nastavenej na auto a paměti mam taky dost.

LiborA · Příspěvek od **LiborA** » pon pro 24, 2007 2:43 pm

Pustil jsem projekt pod Linuxem a zatím v pohodě, akorát má problém se zobrazováním průběhu - každou chvilku naskočí že je v čase 00:00:01, ale pak se hned zase zobrazí správný čas.

LiborA · Příspěvek od **LiborA** » pon pro 24, 2007 2:57 pm

Xenostellar píše:No jo, ale když to necháš, tak musíš odklikávat hromadu okýnek s chybou. Já jsem jich zkusil asi 10 a žádná nebyla dobrá. Myslim, že swapem to nebude, ten mam nastavenej na auto a paměti mam taky dost.

Na fóru projektu se k tomu vede zajímavá diskuse:

- The problem seems to be with the msvcr71.dll (vers. 7.10.3052.4 on my XP and my Millenium machine)

- Yes, typically all the problems were related to this dll and to msvcp71.dll, that is why we bundle them with the executable. Try to perform the following simple test: enter the 'projects\cbl-boinc-server02.cs.technion.ac.il_superlinkattechnion' directory and issue the following command in your shell

superlink.exe <name of your datafile.dat> <name of your pedfile.dat> -e <name of your order0.txt> 0 9

and describe what's happening next? Suspend everything before the experiment.

marpes · Příspěvek od **marpes** » stř pro 26, 2007 12:53 am

Uz to ako-tak bezi. CPU Time az po dokonceni vypoctu.

Xenostellar · pát led 11, 2008 12:22 am

Zdá se, že jednotek už je dostatek a program nepadá.

Marty McFly · pát led 11, 2008 9:52 am

Pořád má projekt vysoký nárok na paměť? Nebo se něco změnilo?

Xenostellar · pát led 11, 2008 11:09 am

Podle mýho pozorování si aplikace 1.14 bere tak 150 MB až 250 MB.
Jestli je to hodně nebo málo nechám na vlastním posouzení

Deadline je tak 2 dny, takže u mě to občas běží přednostně s high priority.

Příspěvek od **Honza** » pát led 11, 2008 8:02 pm

Stabilita applikace i dostupnost jednotek se rozhodne zlepsily.

Naroky na pamet urcite klesly - tech 750 mega uz to neni. Ale je to kolisave - pred par dny byly WUs na treba 6 minut a 350 mega, ted staci 100 mega na 4,5 minuty.
Jo, kolisave - v dalsi varce hodinu na to jsem mel zase WUs co si berou 250 mega.

Příspěvek od **Honza** » sob led 12, 2008 1:57 pm

Trochu vic jsem zacal sledovat svou masinu na Superlink a nektere veci by byly opravdu super:
Average CPU efficiency 1.003354
Efficiency je pouze lehce >1 ale prece.

Result duration correction factorje fakt sileny: 0.014717

Average turnaround time sa take jen tak nevidi: 0.02 days

Kde vzal, ze mam 4 GB swap nevim - mam jej pouze 256-512MB. Alespon pamet spocital dobre na 4GB...