RAH-Aktuální stav projektu

[dejvidek]

Sem piště aktuální stav projektu, problémy, výpadky. Tato diskuse bude časem promazávána - měsíc starý výpadek tu asi nikoho zajímat nebude, tak proto zvažte debatu na jiným tématem.
dejv

[sarha1]

Nová verze aplikace - zpráva ze serveru projektu:

Rosetta@home has been updated to version 5.32 -- our first update after CASP7. The new update has two major new features: 1. protein sidechains are shown in the graphics during Rosetta full-atom simulation stage; 2. a new type of structure prediciton task -- protein-protein docking is running on Rosetta@Home now.

[sarha1]

Aby nebyly věci tak jednoduché, s novou aplikací přišel nový problém u jednoho typu jednotek:

11.10.2006 12:56:26|rosetta@home|Checksum or signature error for 1SPB.map
11.10.2006 12:56:27|rosetta@home|Unrecoverable error for result DOC_1SPB_U_pert_bench_1263_419_1 (WU download error: couldn't get input files:<file_xfer_error> <file_name>1SPB.map</file_name> <error_code>-200</error_code></file_xfer_error>)

[Fran]

U mě se objevil stejný problém:

11.10.2006 16:29:13|rosetta@home|Finished download of file 2BTF.map
11.10.2006 16:29:13|rosetta@home|Throughput 441 bytes/sec
11.10.2006 16:29:13|rosetta@home|Checksum or signature error for 2BTF.map
11.10.2006 16:29:14|rosetta@home|Unrecoverable error for result DOC_2BTF_U_pert_bench_1263_963_0 (WU download error: couldn't get input files:<file_xfer_error> <file_name>2BTF.map</file_name> <error_code>-200</error_code></file_xfer_error>)

[borekv]

Rekl bych, ze to byly jen momentalni problemy.

[sarha1]

Už je vše v pořádku, tak jedeme dál.

[pcman]

Rosetta ma novejsi aplikaci 5.34 udajne umoznujici pouzit presnejsi funkce
pro vypocet energie a ziskat tak zajimavejsi tvary proteinu.

[Mr4k]

Ta nova aplikace je nejaka nenazrana, bere mi vic jak 200MB pameti, to neni zrovna malo.

[Honza]

Vcera rano jsem do tabulky doplnil novou verzi vcetne udaje pameti, kolik mi to zralo - taky jsme na to s dejvem docela verjali, protoze to bylo uz asi po 90 vterinach vypoctu.
Je vcelku mozne, ze mnoztvi vyuziti pameti je dynamicke podle jeji dostupnosti, stejne jako v pripade aplikace SETI.

[honzae]

Vcera rano jsem do tabulky doplnil novou verzi vcetne udaje pameti, kolik mi to zralo - taky jsme na to s dejvem docela verjali, protoze to bylo uz asi po 90 vterinach vypoctu.
Je vcelku mozne, ze mnoztvi vyuziti pameti je dynamicke podle jeji dostupnosti, stejne jako v pripade aplikace SETI.

Jo, mne vcera rosetta odmitla poslat dalsi wu, protoze prej nemam dost pameti. Sakra, to je 4 roky stary 256 MB Pentium III uz takovej srot???

[azor666]

Ahoj a vitej na foru
Kdyz se podivas do te Honzovy tabulkytak tam je cislo 265MB RAM. A neco mi rika ze 256 je min.
Ale na PIII muze jet fura jinych projektu Einstein, uFluid, QMC...

[Honza]

Nahodou jsem kouknul na verzi 5.40 a ma docela zajimave zmeny v grafice...urcite to casem prejde do oficialni verzi na Rosette.

[borekv]

Update na 5.40 je uz oficialne oznamen, ale Rosetta je momentalne down.

[Duha]

Rosetta běží, verze 5.40 se soustřeďuje na Alzheimera, respektive obecně na amyloidové nemoci (Alzheimer, Parkinson, diabetes II.typu nebo sporadické CJD - "lidská obdoba šílenejch krav")... Jak na fóru R@H pár lidí píše, je jim teď jasněji co se tam počítá (předpovídá) a soustřeďují 100% výpočtů na R@H...

[Honza]

Rosettka presla na aplikaci 5.43 testovanou na Ralphu.
Byla redukovana komplexnost grafiky a moznost otaceni modelu mysi, aby se zabranilo padum aplikace...ale zase se to tam vrati (az to poresi).